我们从其消极影响入手来看这一制度；

第一，宦官专权。在明朝，皇帝对于内阁票拟，司礼监批红，只需点头同意即可，亦可全盘否决。明代皇帝常把宦官视为心腹，委以重任。从司礼监与内阁的制衡机制中也能体现的出来。前文已述，题、奏本都需宦官居中传达，又握有“批红”大权。通过略改几字，乘机专权乱政，又有东厂特务机关，无需三法司，直接逮捕问罪。更有派往各地各边关的镇守、守备、监军太监。宦官地位与内阁大学士不相上下，权势更远在内阁大学士之上。如明末太监刘若愚所写到“最有宠者一人，以秉笔掌东厂；掌印秩尊，视元辅；掌东厂权重，视总宪兼次辅。其次秉笔，其次随堂，如众辅焉。”以上的这些制度都为宦官提供了专权的土壤。

第二，党争倾轧。内阁创立之初，原意是内阁大学士对皇帝决策政务提供处理意见。而皇帝怠政，往往变内阁之意见为己之决策。一方面，助长自己怠政之心，另一方面这也造成“票拟权”的地位提高，而票拟之权一高，内阁首辅之职地位渐崇，争夺首辅之职也日剧，久而久之，朋党相争。“明之内阁上受君主钳制，内受宦官操纵，阁臣之欲握权柄者，皆不免以不光明之手段得之”。明朝历代权势较大首辅，无不是上悦君主。如严嵩“（严）嵩无他才略，惟一意媚上，窃权罔利。”通过逢迎皇帝，来增长自己的权力。或者是内结宦官，与宦官形成联盟，实现自己的主张。如张居正与冯保在穆宗病危时联盟，驱逐高拱“穆宗不豫，（张）居正与（冯）保密处分后事，引（冯）保为内助，而（高）拱欲去保。神宗即位，保以两宫诏旨逐（高）拱，……，（张）居正遂代“高拱”为首辅。”与此同时，在上悦君主和内结宦官的同时，内阁首辅们还需防范内阁同列大学士的倾轧，陷入极端的党争。内阁大学士之间互相倾轧，鼓吹言官。造成只要是反对派的意见，全部否定，全不顾是否有利国家，只较个人得失。

第三，亡国根源。前面讲到，该制度为宦官提供专权的土壤，又造成内阁大学士们相互倾轧，党争不断。而党争和宦祸一旦相加，明朝灭亡也就不远了。上文我们讲文人士大夫相倾轧，往往力单，又常需借助宦官权势，因此又演变为宦祸。东林党之盛时，齐党、浙党、昆党三小党无以维持，借助魏忠贤的力量，使得东林几乎全覆。所以说，到了明朝末年内忧外患，朝廷内部党争加宦祸，上下折腾，加速了明王朝的灭亡。在辽东，东林阉党倾轧，熊廷弼为辽东经略，因为熊廷弼是东林党人，掌权的魏忠贤，指使王化贞加以阻扰。致使广宁失守，熊廷弼被冤杀。“广宁之失，罪由化贞，乃以门户曲杀廷弼，国步将移，刑章颠覆，岂非天哉。”即便在甲申崇祯吊死后，党争也并未消停。党争竟绵延至在南渡后的的南明小朝廷。在清军大举南下时，致使东林党人左良玉打出“清君侧”的口号要与阉党内阁马士英、阮大铖等人相抗。这种党同伐异，自相残杀，使得明王朝仅有一点的回光返照也荡然无存了。